การคัดเลือกโรงเรียนดีเด่น จะมีด้วยกัน 3 รอบ

• รอบแรก สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาแต่ละแห่งจะทำการคัดเลือกโรงเรียน 1 แห่ง และนักเรียน 1 คน ซึ่งจะมีโรงเรียนที่ผ่านรอบนี้รวม 178 แห่ง และนักเรียน 178 คน
• รอบสอง คณะกรรมการกลุ่มสำนักงานพื้นที่การศึกษา ซึ่งเป็นคณะกรรมการระดับภาค มีจำนวน 18 กลุ่ม ร่วมกันคัดเลือกให้เหลือโรงเรียนที่ผ่านเข้ารอบ 56 แห่ง และคัดเลือกนักเรียนให้เหลือ 95 คน
• รอบตัดสิน คณะกรรมการอำนวยการ พิจารณาคัดเลือกโรงเรียนดีเด่นจำนวน 38 แห่ง และนักเรียนดีเด่นจำนวน 80 คน

การคัดเลือกในแต่ละรอบ คณะกรรมการจะใช้วิธีพิจารณาจากเอกสารการสมัคร การสัมภาษณ์ และการลงพื้นที่ตรวจเยี่ยม